مطالعه برهمکنش پروتئینهای آلفا و بتاکازئین با پپتید مهارکننده (ACE ) توسط طیفسنجی و الگوسازی مولکولی
مطالعه پیوند شدن مولکول و یونهای کوچک بر ماکرومولکولها به مقدار درک طبیعت انتقال و توزیع اینگونهها در سیستمهای زیستی به این دلیل حائز اهمیت است که این قبیل برهمکنشها نقش کلیدی در فرآیندهای انتقال و سنجش ایفا میکنند.
پروتئین ها برای انجام اعمال خودنیاز دارند تا به مولکولی نظیر آنزیم ها یا گیرنده های هورمونها یا به مولکولهای کوچک متصل شوند لیگاندها از نظر
میزان پیچیدگی بایکدیگر تفاوت دارند. برخی از لیگاندها یا پایدارکننده پروتئین ها هستند و برخی دیگر پروتئین ها را ناپایدار می کنند. بعضی سبب
فعال کردن آنزیم ها برخی باعث غیر فعال کردن آنزیم ها می شوند .
در این پژوهش بر هم کنش پپتید مهارکننده (ACE) . و پروتئین های آلفا و بتا کازئین با استفاده از روش های مختلف طیف سنجی فلورسانس و
الگوسازی مولکولی انجام شده است. نتایج طیف سنجی فلور سانس نشان داد که پپتید مهارکننده (ACE) می تواند طیف فلورسانس پروتئین های آلفا
و بتا کازئین را خاموش کند و خاموشی در بتا کازئین بیشتر صورت گرفته است.
مطالعات الگوسازی مولکولی امکان تعیین جایگاه مناسب اتصال پپتید مهارکننده (ACE) . بر روی پروتئینهای آلفا و بتا کازئین را تخمین زد . این نتایج
نشان می دهد که پروتئین های آلفا وبتا کازئین می توانند گزینه مناسبی برای انتقال پپتید مهارکننده . (ACE) بر مولکول های هدف می باشند.
مطالعه کیفیت رنگدا نه ها و پروتئین بذر گیاه جو و عملکرد آن تحت تاثیر بیوفسفات و قارچ میکوریزا
تیمارهای مورد بررسی شامل بیوسوپر فسفات در سه سطح ) 100 00 0 درصد( و - - قارچ میکوریزی در دو سطح) تلقیح و عدم تلقیح ( می باشد. آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه منابع طبیعی بم انجام شد. اثرات دو عامل اصلی و اثرات متقابل آنها بر صفات تعداد دانه در سنبله، طول سنبله، پروتئین دانه و عملکرد دانه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد میکوریزا بر تمامی صفات مورد بررسی به جز تعداد دانه در سنبله و طول سنبله که تاثیر معنی داری نداشت بر بقیه صفات تاثیرمعنی دار و افزایشی داشت. بیوسوپر تاثیر معنی داری بر درصد طول سنبله و تعداد دانه در سنبله نداشت اما دیگر صفات مورد بررسی را در گیاه جو افزایش داد. همچنین اثر مصرف توام بیوسوپر و میکوریزا باعث افزایش بیشتر عملکرد دانه در گیاه جو نسبت به کاربرد تنهای هر یک از دو عامل اصلی شد. اما تاثیر متقابل بیوسوپر و میکوریزا بر دیگر صفات مورد بررسی بی معنی بود.تیمارهای مورد بررسی شامل بیوسوپر فسفات در سه سطح ) 100 00 0 درصد( و - - قارچ میکوریزی در دو سطح) تلقیح و عدم تلقیح ( می باشد. آزمایش به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه منابع طبیعی بم انجام شد. اثرات دو عامل اصلی و اثرات متقابل آنها بر صفات تعداد دانه در سنبله، طول سنبله، پروتئین دانه و عملکرد دانه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد میکوریزا بر تمامی صفات مورد بررسی به جز تعداد دانه در سنبله و طول سنبله که تاثیر معنی داری نداشت بر بقیه صفات تاثیرمعنی دار و افزایشی داشت. بیوسوپر تاثیر معنی داری بر درصد طول سنبله و تعداد دانه در سنبله نداشت اما دیگر صفات مورد بررسی را در گیاه جو افزایش داد. همچنین اثر مصرف توام بیوسوپر و میکوریزا باعث افزایش بیشتر عملکرد دانه در گیاه جو نسبت به کاربرد تنهای هر یک از دو عامل اصلی شد. اما تاثیر متقابل بیوسوپر و میکوریزا بر دیگر صفات مورد بررسی بی معنی بود.
بررسی برهمکنش کارکومین با پروتئین های آلبومین سرم انسانی و پگ آلبومین سرم انسانی توسط طیف سنجی و الگوسازی مولکولی
پروتئین ها برای انجام اعمال خودنیاز دارند تا به مولکولی نظیر آنزیم ها یا گیرنده های هورمونها یا به مولکولهای کوچک متصل شوند لیگاندها از نظر
میزان پیچیدگی بایکدیگر تفاوت دارند. برخی از لیگاندها یا پایدارکننده پروتئین ها هستند و برخی دیگر پروتئین ها را ناپایدار می کنند. بعضی سبب
فعال کردن آنزیم ها برخی باعث غیر فعال کردن آنزیم ها می شوند .
در این پژوهش برهمکنش بین کارکومین با پروتئینهای آلبومین سرم و پگ آلبومین سرم را در دمای محیط، 4 / 7 = pH و شرایط فیزولوژیک توسط
روشهای مختلفی نظیر طیفسنجی فلورسانس و روش الگوسازی مولکولی استفاده کردیم.
نظر به اینکه کارکومین دارای اثرات انتی اکسیدانی و درمانی در جهت بهبود اختلالات التهابی و بهبود جراحات، توانایی در مهار سرطانزایی در برخی
قسمت های بدن می باشد و همچنین در صنایع غذایی کاربرد فراوانی دارد. به همین دلیل، به منظور بررسی امکان بر هم کنش کارکومین با
پروتئینهای آلبومین سرم انسانی و پگ آلبومین سرم و به جهت انتقال و توزیع بهینه و هدفمند کارکومین،بر هم کنش این دو ترکیب مورد مطالعه قرار
گرفت.
نتایج طیف سنجی فلورسانس نشان میدهد که حضور کارکومین باعث خاموشی نشر فلوروفورهای هر دو پروتئین میشود تغییرات ایجاد شده حاکی از
تشکیل کمپلکس لیگاند پروتئین میباشد. –
کلیه نتایج دست آمده از روش طیف سنجی به کمک الگوسازی مولکولی مورد تأیید قرار گرفته است
بررسی و پیاده سازی موازی روش جستجوی مارپیچ برای پیش بینی ساختار پروتئین
پیش بینی ساختار پروتئین، به عنوان پیش بینی ساختار سوم آن با استفاده از اطلاعات ساختار اول )توالی اسیدهای آمینه( آن
تعریف میشود. در مقایسه با تعداد بسیار زیاد توالیهای شناخته شده، ساختار تعداد کمی از پروتئینها شناخته شده است. با
رشد بیشتر شکاف بین توالیها و ساختارهای شناخته شده، نیاز به توسعه روشهای پیشبینی ساختار که قابل اعتماد باشند،
افزایش یافته است. تعداد زیادی از الگوریتمهای جستجوی فرا ابتکاری موجود تلاش میکنند تا مسئله را با جستجو در
ساختارهای ممکن و یافتن ساختاری با انرژی کمینه، حل کنند. در این مقاله، روش جستجوی مارپیچ برمبنای الگوریتم فرا
ابتکاری تابو را بررسی و پیاده سازی به صورت موازی انجام میشود و نتایج حاصل از آن برای پیشبینی ساختار پروتئین براساس
مدل انرژی HP با استفاده از شبکه سه بعدی FCC ارائه میگردد.
