بررسی روابط ژنتیکی ارقام و پایه‌های سیب با استفاده از نشانگر مولکولی SSR

عنوان تحقیق: بررسی روابط ژنتیکی ارقام و پایه‌های سیب با استفاده از نشانگر مولکولی SSR

فرمت فایل: word

تعداد صفحات: 70

شرح مختصر:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است. با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.

با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و پایه های سیب کارایی بالایی دارد.
در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند. پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند. تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice مبتنی بر UPGMA انجام گرفت. دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند. در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و MM106 مشاهده گردید.

با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد. در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

فهرست مطالب

چکیده:
مقدمه
فصل اول
بررسی منابع و کلیات
1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان
2-1- درخت سیب و خواص بتانیکی آن

3-1- فرآورده‌های سیب
4-1- خواص دارویی سیب
5-1- ارزش غذایی سیب
6-1- پایه‌های سیب
1-6-1-پایه‌های بذری

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری)
1-2-6-1-پایه‌های مالینگ
2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون
3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی
7-1- زیست شناسی مولکولی
1-7-1- نشانگر
2-7-1- هدف از کاربرد نشانگر
3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی
1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیکی)
2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیکی
3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین
4-3-7-1- نشانگرهای مولکولی در سطح DNA
5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA
الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR
– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)
– تعداد متفاوت ردیف‌های تکراری و ماهوارک‌ها (VNTR & Minisatellites)
– پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)
ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR
4-7-1- ردیف‌های تکراری
1-4-7-1- ماهواره‌ها
2-4-7-1- ماهوارک‌ها
3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میکروستلایت‌ها یا SSR)
5-7-1- چگونگی ایجاد میکروستلایت‌ها
6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR
7-7-1- کاربردهای نشانگرهای SSR
8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها
9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها
10-7-1- اساس چند شکلی در جایگاههای ریزماهواره
1-10-7-1- مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)
2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM)
8-1- واکنش زنجیره ای پلیمراز
1-8-1- اجزای واکنش PCR
1-1-8-1- آنزیم
2-1-8-1-مخلوط ذروکسی نوکلئوتید تری فسفات ( dNTPs )
3-1-8-1- DNA الگو
4-1-8-1- آغازگرها
5-1-8-1- بافرها و کلرید منیزیوم
2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واکنش PCR
1-2-8-1- غلظت مخلوط PCR
2-2-8-1- دما
3-2-8-1- تعداد و طول سیکل
4-2-8-1- افزاینده های PCR
3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR
4-8-1- PCR آشیانه ای
9-1- الکتروفورز ژل آگارز
10-1- الکترفورز ژل پلی آکریل آمید
11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR
منابع و مآخذ

بررسی اثر باکتری های حل کننده پتاس بر عملکرد ارقام برنج

به منظور بررسی اثر باکتری های حل کننده پتاس بر عملکرد ارقام برنج، آزمایشی در سال زراعی 1393 در شهرستان آمل به روش اسپلیت پلات در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در سه تکرار انجام شد. تیمارها با دو فاکتور اصلی شامل رقم که دو رقم طارم هاشمی و شیرودی و فاکتور فرعی شامل کود شیمیایی و باکتری در پنج تیمار اجرا شد. نتایج مقایسات میانگین کود × اثرات متقابل صفات عملکردی برنج نشان می دهد که بیشترین عملکرد کاه تحت اثرات متقابل استفاده از رقم شیرودی شاهد با 5317 و پس از آن در اثرات × پتاس با 9513 کیلوگرم در هکتار و کمترین آن نیز در اثرات متقابل رقم هاشمی باکتری سودوموناس حل کننده پتاس مشاهده گردید. شاخص برداشت تنها تحت تأثیر s19s سویه 10 × متقابل رقم هاشمی باکتری و ارقام × باکتری و کود پتاس اختلاف معنی داری را در سطح پنج درصد از خود نشان داد و تحت اثرات متقابل رقم مختلف قرار نگرفت. همین طور نتایج نشان داد که در صورت استفاده از سویه های مختلف باکتری سودوموناس بر شاخص بیشتر از سایر باکتری های حل کننده s19s برداشت اضافه گردید و در بین باکتری های مختلف، باکتری سودوموناس سویه 14 کود پتاس با 8467 و کمترین × پتاس بر شاخص برداشت اثر می گذارد. بیشترین عملکرد دانه تحت اثرات متقابل رقم شیرودی s19s سویه 10 × شاهد و رقم هاشمی × آن به ترتیب با 4143 و 4253 کیلوگرم در هکتار مربوط به اثرات متقابل هاشمی باکتری سودوموناس می باشد. نتایج نشان داد که در صورت استفاده از کود شیمیایی پتاس و سویه های مختلف باکتری های
سودوموناس حل کننده پتاس عملکرد دانه افزایش می یابد.

محاسبه شاخص های انتخاب در ارقام مختلف گندم

این مقاله به بررسی و محاسبه شاخص انتخاب در ارقام مختلف گندم می پردازد