سلولهای بنیادی و بیماری ها راه های زیادی برای استفاده از سلول های بنیادی در تحقیقات پایه و در تحقیقات بالینی وجود دارد.با این وجود از نظر تکنیکی سختیهای زیادی بین تئوری های امیدبخش دردرمان بیماری ها و رسیدن به یک روش عملیاتی مناسب در درمان ان ها وجود دارد .که پرکردن این فاصله تنها با انجام ازمایشات و تحقیقات بیشتر و بیشتر امکان پذیر است.مطالعه و تحقیق در زمینه سلول های بنیادی جنینی انسان اطلاعات زیادی را در موردحوادث اتفاق افتاده در حین زندگی داخل رحمی انسان به ما میدهد.یکی از نتایج اولیه این تحقیقات نحوه تبدیل شدن سلول های غیر تمایز یافته که در واقع همان سلول های بنیادی هستند به سلول های تمایز یافته و بالغ بافت های مختلف بدن است. دانشمندان دریافته اندکه روشن و خاموش شدن پرخی ژنها مسئول این عمل است. که خود این پدیده در اثر علائم و سیگنال هایی است که به سلول داده می شود.خواستگاه این علائم می تواند از محیط خارج باشد و یا از داخل خود سلول باشد.در جریان برخی از بیماری ها مانند سرطان ها و یانقص های مادرزادی عملکرد ژنها دچار اختلال می شود و موجب تقسیم و یا تمایزغیرطبیعی سلول ها می شود. اطلاعات تکمیلی درزمینه نحوه کنترل ژنتیکی ومولکولی این پدیده می تواند افق های تازه ای را در زمینه ای درمان ویا محدود کردن این بیماری ها درمقابل ما قرار دهد.مشکل اصلی دانشمندان در زمینه استفاده از سلولهای بنیادی جهت درمان این است که هنوز به طور کامل سیگنالهایی راکه موجب روشن وخاموش شدن ژنهای مختلف می شودبه طور کامل کشف نشده اند تا بتوان با استفاده از ان ها تقسیم وتکامل سلولهای بنیادی را کنترل کند.همچنین کاربرد دیگر سلولهای بنیادی در آزمایشات دارویی است.در واقع با استفاده از این سلولها می توانیم اثر داروهای مختلف را بر روی سلولهای مختلف ازمایش و بررسی کنیم .در این زمینه گاهی به جای سلولهای بنیادی اصلی از سلولهای مشتق شده از آنها استفاده می شود این عمل موجب می شود که ما بتوانیم اثر دارو را برروی سلولهای خاص ترینیز می تواند در این زمینه مورد استفاده قرار CELL LINE بررسی کنیم .انواع دیگری ازبگیرد. برای مثال سلول های گرفته شده از تومورها که می توانندبه منظور بررسی اثر دارو برروی سلول های سرطانی و پدیده تومورزایی مورد استفاده قرار می گیرد.البته مزیت استفاده از سلول های سلول های بنیادی در این تحقیقات این است که طیف وسیع تری از سلول هارا می توان در این تحقیقات مورد بررسی قرار داد